人體的基因組(Genome)共有29,000種基因。但是，我們身上的微生物群落(microbiome)，估計有高達2百萬至8百萬種不同的基因。
從基因的角度，我們的身體99%是微生物所組成的。難怪有生物學家會說，菌讓我們成為我們(Germs are us)。
換句話說，我們就是菌。
我們的身體，微生物群落密度最高的幾個部位是：
腸胃道(gut)
皮膚(skin)
嘴巴(mouth)
肺和鼻腔(lungs and sinuses)
陰道(vagina)
自然產(born vaginally)的嬰兒，在出生的時候，由母親的陰道接受到微生物，自此進駐到嬰兒的身體，然後護其一生。
最近研究較多的是，其中的乳酸桿菌屬(Lactobacillus)。這是優格(yogurt)中有的成份，會產生乳酸(lactic acid) 和過氧化氫(hydrogen peroxide，H2O2 雙氧水)，有助於抑制「壞菌」的成長。
陰道菌相是否健全，也攸關到女性的健康。
婦女常罹患的細菌性陰道炎(bacterial vaginosis, BV)，就和罹患以下病症相關：
免疫不全症(HIV)
淋病(gonorrrhea)
披衣菌感染(chlamydia)
骨盆腔炎(pelvic inflammatory)
早產(preterm birth)
有婦女為了保持陰道的「潔淨」，用消毒水進行預防性的灌洗(douching)。但是，那會不預期改變了陰道的菌相，微生物的專家都期期以為不可。
剖腹產(caesarean section)的嬰兒，主要透過母體的皮膚獲得微生物，只是就沒有陰道的菌相那麼豐富了。
嬰兒在母親哺乳，及接下來親密的肢體接觸的過程，會繼續接受到各種微生物。
研究發現，剖腹產的嬰兒，從母親接收到的皮膚微生物群較多，而陰道的微生物較少，會影響到他們的新陳代謝功能(metabolism)，剖腹產的嬰兒會長得比自然產的嬰兒要來得肥胖。
根據研究，孩子一旦長到3歲左右，身體腸病道的菌相大概就漸趨穩定，跟成人相似了。
但是，身體𥚃的微生物群落，並不是一輩子都是不變的。
較年長的人，一般腸胃道中微生物群落的多樣性會變得比較差。
有人研究過，百歲人瑞腸胃道的微生物群落，它們的多樣性，則和健康的年輕人近似呢！
微生物群落衰弱的狀況(多樣性變差)，發現和以下的病症相關：
肥胖(obesity)
型2/後天糖尿病(type 2 diabetes)
腸道發炎相關疾病 inflammatory bowel diseases (克隆氏症Crohn’s disease and 潰炎性結腸炎ulcerative colitis)
腸躁症(irritable bowel syndrome)
心血管疾病(cardiovascular disease)
大腸癌(colon cancer)
氣喘(asthma)
過敏(allergies)
自體免疫疾病autoimmune disease：多發性硬化症(multiple sclerosis) 、系統性紅斑狼瘡 (systematic lupus erythematous)
當然，有相關並不代表其有因果關係。但是，微生物群落對身體的影響是不容忽視的。而其實，微生物就是身體，身體就是微生物，當如是觀之。
所以，當微生物的群落不健全，失去了相互依存或制衡的多樣性時，人要健康也就很難了，因為身體整個的生態系也因此失衡了。
有研究顯示，6個月大的嬰兒，如果曾經接受抗生素的療程，身體的微生物群落受到影響，七歲前會比其他兒童長得來得肥胖。
15歲的青少年，若在之前接受過7次以上的抗生素療程，會長得比同儕來得肥胖……
對微生物的適當敏感度，必須從小開始培養。
有一個研究，比較都市小孩和住在鄉下的Amish人的小孩發現，前者居住的環境太「乾淨」了，用了太多的消毒清潔劑，也可能洗太多的手，身體的免疫系統對微生物變得非常敏感；但是Amish人的小孩，從小和麈土玩在一起，身體的免疫系統被訓練得對微生物較不敏感，因此更不會患氣喘等過敏症狀。
同樣的道理，如果有養寵物，譬如狗，可以豐富居家環境的微生物群落，從小和狗相處，對降低孩子免疫系統的過敏反應，也會有所幫助。
目前微生物的研究比較多是關於細菌方面的，但身體還有古菌、病毒、真菌等等，我們對它們所知更少。
以病毒為例，它的數量比細菌和古菌多很多。
其中一種叫做噬菌體(bacteriophage)的病毒，專門獵殺細菌，從名稱就可以知道它的重要性。
另外，有一種名不見經傳的病毒，名稱為「crAssphage」，也是一種噬菌體，似乎可以抑制和肥胖及糖尿病相關的細菌的增生呢！
為什麼要大家多吃原型食物，不要吃加工食品呢？
問題就在於加工食品中添加的防腐劑，那會影響我們腸胃道的微生物的群落，導致我們變得容易肥胖，並且對升醣的食物沒有耐受性(glucose intolerance，無法透過胰島素把血糖降下來)。
近期的研究顯示，腸胃道中的微生物群落的失𧗽和以下的疾病相關：
大腸癌(colorectal cancer)
肝癌(liver cancer)
胰臟癌(pancreatic cancer)
兒童白血病(childhood leukemia)
皮膚，皮膚是身體最大的器官，總重達20磅(約9公斤)，展開的面積達到20平方英尺(約0.56坪)。
皮膚的健康，不在於哪些菌長得好不好，而是微生物的群落要保持一個平衡。
嘴巴𥚃的菌，會造成齲齒(cavities)，但是很多人都不知道，它們和以下的疾病有關：
心血管疾病(cardiovascular disease)
胰臟癌(pancreatic cancer)
直腸癌(colorectal cancer)
風溼性關節炎(rheumatoid arthritis)
早產(preterm birth)
頭和頸相關的癌症(cancers of head and neck)
嘴巴𥚃的菌，也會影響我們鼻腔(sinuses) 和肺(lungs)的健康。
然後是腦腸軸的理論(the gut brain connection)。
腦和腸胃道是連在一起，透過神經，腦可以影響到腸胃及其中的微生物。而相對地，腸胃道中的微生物，負責分泌超過身體一半們的多巴胺(dopamine)和血清素(serotonin)，經過這個腦腸軸的機制，控制著人們的情緒。
腦腸軸的理論，最可以生動地解釋，我們(的腦)和(腸胃道中的)菌，是怎樣的一體兩面。
我們是菌；菌也是我們。
腸胃道的菌，「負責」協調我們的情緒。動物實驗中甚至發現，移植菌(排遺)到腸胃道中，是治療憂鬱的好方法呢！
當然，這代表干擾腸胃道中微生物的群落的平衡，做起來要非常謹慎小心才可以。
*：Phillip K. Peterson, M.D., microbes, the life-changing story of germs, 2022 , Prometheus Books
PS. 相片2024/8/22 攝於228紀念公園
2024/8/22 我們身體𥚃的微生物 Damakey
