1942年，麥爾提出了關於「物種」著名的定義：
『物種是實際上或有潛在可能混種繁殖的自然種群，與其他物種族群存著生殖隔離。』*
麥爾對物種的定義，在達爾文的演化論，就是所有的生物都可以追溯由某些共同的祖先演化而來。如果把這些關係連接起來，就像一株樹狀的生命樹。樹根是祖先，最後的枝條是所謂的「物種」。
『美國生物學家馬古利斯等人，在1967年提出了一個「內共生作用」學說，主張真核細胞粒線體與葉綠素等小胞器，都是遠古時代某些細菌，生活在另一顆細胞(或細菌)體內，最後演變而來。這樣的理論，大幅推翻了過往我們對演化的認知。照馬古利斯等人的說法，細菌透過「融合」產生真核細胞，生命樹的枝條將會匯合在一起而不是分岔。…..』*
渥易斯比對了原核細胞(細菌)和一些真核細胞的核糖體DNA，結果在原來以為都是細菌的樣本裏，發現兩種完全不同的生物：細菌和古菌(原以為古菌比細菌古老，其實不必然)。
據此，渥易斯在1977年提出了新的生物分類法，把生物的大分類分為：細菌、古菌和真核生物。
細菌和古菌都沒有細胞核，所以都是原核生物。至於有細胞核的真核生物，簡單講現今看到的真菌、動物、植物等皆是。
當然，人就是真核生物。
其他的科學家根據渥易斯的技術和觀念，『證明了葉綠體跟粒線體確實是來自遠古的細菌，從而也證明了馬古利斯當初的「內共生作用」……從基因分析上來看，真核生物更像是細菌跟古菌的雜種嵌合物，……真核生物的出現，似乎並非透過達爾文的天擇演化而來。』*
想像一個過度簡化的景象，在大約20億年前，一個帶有粒線體的細菌，意外地跑到了一個古菌裏，然後心甘情願地放棄自己的細胞外膜，和古菌緊密共生起來，形成了最原始的真核細胞，成為我們人類的始祖。而如果那個細菌是帶有葉綠體的，和古菌共生，就成為真核生物中植物的祖先了。
從分子生物學的研究，我們現在知道，跳過(物種的)界線，承繼外來的基因來加速演化，不只發生在原核生物的細菌，也發生在真核生物的動植物。
兩個譜系相距遙遠的細菌，卻帶有極相似的基因，那就代表那些基因不是透過世代遺傳而來，而是細菌與細菌之間相遇所產生的基因水平移轉。
根據研究，我們身體內的細菌，譬如在腸胃道內、牙齦上、陰道內、皮膚上的，雖然有些親緣距離很大，但是因為緊密生存在同一個小生態系中，發生基因移轉的頻率，是其他各種環境中的細菌的25倍。
細菌的基因水平移轉，也是日久生情、潛移默化、相濡以沫、近水樓台先得月呢！
以人為例，『……我們自身的DNA中有很大比例是由病毒而來的……大約百分之八的人類基因體由反轉錄病毒(retrovirus)遺留下來。這些反轉錄病毒入侵我們的譜系，它們不僅僅是入侵我們祖先的身，還入侵我們祖先的DNA並留下來。……』*
什麼是反轉錄病毒？
『相對於通常的DNA轉錄過程，反轉錄病毒是一種反向運作的病毒。反轉錄病毒不遵循「DNA轉錄成RNA，RNA轉譯成蛋白質」這一條把遺傳訊息轉化為活體的正常途徑，它使用RNA基因體來製造DNA雙鏈分子。……反轉病毒….. 可以進入細胞核，並將自身基因體的DNA版本貼到細胞的DNA中，成為細胞基因體的永久部分。……如果反轉錄病毒碰巧感染了生殖細胞……那麼插入的病毒序將會遺傳下去……』*
永遠成為細胞DNA的一部分的，就是內源性反轉錄病毒的基因。
透過反轉錄病毒所取得的DNA，可能為人類帶來演化上的好處，但有些會致命，譬如導致愛滋病的HIV-1，就是一種反轉錄病毒會致命的例子。
西元2000年，莫西卡在19種微生物(有細菌也有古菌)中發現了冗餘的DNA片斷，叫CRISPR (clustered, regularly interspaced, short palindromic repeats)，原來那是細菌的免疫機制。
細菌在被病毒入侵之後，就將病毒部分的DNA整合在自己的DNA鏈上，成為對病毒性狀的記憶。未來如果有類似的病毒入侵，就可以迅速比對而查知，那麼細菌就會在酶的運作下，循線找到病毒，並精準切斷DNA，將其消滅。
在基因工程上，後來就利用CRISPR的機制來剪輯DNA。
CRISPR基因剪輯方式是：用一組引導的RNA，去找到目標的DNA，然後酶就可以把(有問題的)目標DNA切開。而所提供的正常DNA，細胞旋即會用它來自動修復(有問題的)目標DNA。
CRISPR基因剪輯的原理很簡單，讓基因缺陷疾病的治療，露出了一線的曙光。但是DNA有那麼多，引導的RNA也可能找錯目標DNA，酶會切錯，有一定的風險的。而將CRISPR基因剪輯的技術，用在人類的胚胎上，則有很大的道德爭議。
『……我們的基因體中有黑猩猩基因或尼安德塔人基因，……，還有病毒DNA的存在，……內源性反轉錄病毒的基因元件佔據人類基因的百分之八，……，我們每個人都含有數百兆個細菌細胞，代表著數千種不同細菌「種」，作為維持健康、消化系統運作，以及生理其他方面不可或缺的必需品。在我們每一個人細胞中，都存在捕獲的細菌，這些細菌早已轉化為粒線體，沒有它們就沒有你我。』*
達爾文「天擇」的部分，應該還是大自然的基本定律。至於「物競」的基礎，就不只限於代與代之間逐漸變異的基因，也包括從其他物種迅速水平移轉的基因。
我們是誰？
如果自大地說我們是萬物之靈，還不如說我們是蟲人呢！
從第一個帶著粒線體的細菌來投靠古菌開始，到我們現在身上數百兆的細菌細胞，我們一直就是蟲人呢！
說自己是蟲人，是一個更正確的驕傲。想到身體中的細菌，無時無刻在水平移轉基因，為我們打造更多樣化的防禦能力，身而為「人」，是不是應該更謙卑，心中充滿更多的感恩呢？
我，就是我們，我和諸多的菌種們。但是，去掉了菌，我再也不是我了。當如是觀之。．
*：大衞·逵曼，纏結演化樹，分子生物學如何翻新了演出論，2022年7月，貓頭鷹出版
2023/7/20 纏結演化樹，分子生物學如何翻新了演出論 Damakey
