
Now and here
2024/9/2健康報告
早餐:燕麥2匙,油醋沙拉一份,嫩蛋一份,穀類優格一份,美式咖啡一壺。
午餐:椒鹽雞胸肉餐盒(肉加倍,紫米飯一碗,蕃薯、豆芽、高麗菜、青菜各少許,蛋半個)
午後:拿鐵咖啡一杯,紅茶一大杯。
晚餐:鯖魚餐盒(紫米飯一碗,菜心、蕃薯、豆乾、高麗菜、青菜各少許,蛋半個)
運動:19,443步(包括50分鐘慢跑)。
點心:蘋果一顆。
2024/9/2 Now and here Damakey


每當使用抗生素(antibiotic)對付細菌的時候,可能有部份的細菌存活了下來,也就是所謂的產生了抗藥性。這也是為什麼,每當醫生開立抗生素的處方的時候,會交待病患絕對要完成整個療程,不可以感覺有改善就自行停藥的原因。
在出現對當時抗生素有抗藥性的細菌時候,所幸化學家在1959年合成新的抗生素,青黴素(methicillin)。
但是,好景不長,對青黴素有抗藥性的超級細菌也出現了。
那就是「抗甲氧苯青黴素金黃色葡萄球菌」( Methicillin-Resistant Staphylococcus Aureus, MRSA)。
「抗甲氧苯青黴素金黃色葡萄球菌」(MRSA)依傳染途徑分成兩種:
社區間傳播的Community-associated MRSA(CA-MRSA),和醫院(內)傳播的Hospital-associated MRSA(HA-MRSA)。
HA-MRSA的傳播,主要透過醫護人員被細菌污染的雙手,尤其致命是對術後傷口的感染。目前最有效的做法,是在醫院一旦發現病患有MRSA,就必須馬上加以隔離治療。
醫院中HA-MRSA的感染最致命的途徑,是由肺部吸入的(pneumonia)及血液感染的菌血症(bacteremia ),後者則是透過靜脈注射器的污染而受到感染。
針對美國紐約市家庭的隨機調查發現,有20%的家庭中有MRSA。
CA-MRSA的患者,一般是接觸了被污染物體的表面。
有三分之一的人,鼻腔內就寄居著金黃色葡萄球菌(S. Aureus)。然而,大約只有2-7%的人鼻腔內寄居的是致命的MRSA。
這使得到底CA-MRSA的感染源,是來自於病患自己的鼻腔,或者是碰到了污染的表面,答案就變得撲朔迷離了。
根據研究,MRSA在人與人親密接觸的場所容易傳染,諸如:居家環境、軍隊、監獄、更衣室、大專院校、職業體育團隊等等。
又譬如,踢足球容易擦傷,已經有不少足球明星,因為感染了MRSA接受治療,元氣大傷,而永遠葬送了大好的運動前程呢!
MRSA的近期發展,就是CA-MRSA和HA-MRSA之間愈來愈困難區分。
而且,還出現Livestock-associated MRSA(LA-MRSA),從豬隻、牛、禽類等,由動物傳染給人(zoonotic)的狀況。
另外,也出現了MRSA由人傳動物的人畜共通傳染病(zooanthroponosis)的風險。
MRSA的預防,非常困難,我們不能完全不跟別人接觸,我們也無法保證身體的皮膚永遠不出現細菌有機可乘的傷口。
There are two things you can do to prevent CA-MRSA, however. First, if you do have a wound or break in your skin, wash it promptly and thoroughly with soap and water. (Recent studies suggest that the temperature of the water doesn’t matter.) Second, if you see any evidence of cellulitis or soft-tissue infection, see a doctor as soon as possible.
但是,我們可以採取以下兩個行動來預防CA-MRSA:
皮膚有傷口迅速用肥皂水清洗;如果有發現蜂窩性組織炎或軟組織感染的跡象,就要迅速就醫。
HA-MRSA的院內感染的預防,得靠嚴格的手部及手術手套的充份消毒刷洗,以及病患的及時發現和隔離治療。
(筆者按:因此,沒事別去醫院。醫院愈大可能愈毒,小病就先到小診所看。親友住院,送送訊息、打打電話就好,最好儘量避免去探病)。
好消息是,以美國為例,在各種防護措施的加強之下,2011比2005年院內死於MRSA的病人少了。
壞消息則是,對MRSA新藥產生抗藥性的S. aureus(VRSA)在2002年出現了,所幸案例不多就是了。
和細菌的戰鬥之中,人類依然是坐在一個不知何時會引發的不定時炸彈上面。
看得見的敵人令人心生害怕,「看不見」的敵人,像MRSA,則令人不寒而慄。大家要自求多福了。
*:Phillip K. Peterson, M.D., microbes, the life-changing story of germs, 2022 , Prometheus Books
P.S. 抗甲氧苯青黴素金黃色葡萄球菌(Methicillin-Resistant Staphylococcus Aureus, MRSA) 的相片,來自維基百科,由National Institutes of Health (NIH)所提供
2024/9/1 MRSA Damakey

日本東北秋田的特色料理:
石燒料理 いしやきりょうり
它的做法,是拿堅硬的火山岩石頭,放在碳火𥚃燒。
另外用一個木盆裝水和魚肉,然後將燒紅的火山岩石頭放到水裡。不斷加石頭,水就會迅速沸騰,並煮熟魚肉。
最後加入味噌調味,就成為新鮮的味噌魚湯。
據說這種火山岩石頭內部沒有縫隙,所以非常堅固,可加熱達900度C,縱使燒紅之後直接放到冷水中,也不會碎裂呢!
由於魚湯是快速升温煮成,吃起來格外鮮美。
這讓我想到在日本四國高知曾經吃過的鰹魚燒,是用稻桿快火燒灸,雖然鰹魚內部依然是生的,但以速度保持鮮度的邏輯,和石燒料理可以說是有異曲同工之妙。
2024/8/29 秋田石燒料理 Damakey





什麼是感染(infection)?
截至目前為止,學者專家尚無一致的看法。
《Microbes》這本書援引了一種普遍被接受的定義:
An infection is any established relationship between a microbe and a host.
感染是微生物和其宿主之間所建立的任何關係。
而如果那微生物是一種病原體(pathogen),那麼感染的關係,就會令宿主生病。
晚近出現比較主要的感染有:
退伍軍人症(Legionnaires’ disease),
萊姆病(Lyme disease),
免疫不全症/愛滋病(HIV/AIDS),
急性呼吸道症候群(SARS),
嗜肉鏈球菌(flesh-eating bacteria),
C型肝炎(hepatitis C),
西尼羅河熱(West Nile virus encephalitis),
禽流感(bird flu),
伊波拉病毒(Ebola),
茲卡病毒感染(Zika virus infection)
而其實在人類的歷史上,已經出現過很多種不同嚴重的感染,有些甚至差點就滅絕了人類。
感染依嚴重的程度而分為:
流行性(Epidemic):在特定區域內有大規模感染。
大流行(Pandemic):有跨境大規模感染。
瘟疫(plague):指大規模感染,而且伴隨高死亡率。
瘟疫(plague)的這個字,最原始是用來指由鼠疫桿菌(Yersinia pestis)所引發的鼠疫。患者會皮下出血而變黑,因此也稱為黑死病(The Black Death)。
在以前醫學不發達,對病原體不了解的情況下,死亡率就很高,歷史上幾種疾病死亡率的紀錄如下:
鼠疫(Bubonic plague): 50-60%
霍亂(Cholera): 34%
黃熱病(Yellow fever): 15%
流感(Influenza): 13%
(筆者按,造成全球恐慌的Covid-19,全球死亡率約1%,大家可以想想以前死亡率超過2位數代表是什麼意思,每個家庭都辦喪事,而且往往短期內不只一次!)
在第二次世界大戰,感染致死的人數遠遠超過直接戰死的。
歐洲人發現美洲,則帶去了天花(small pox), 流感(influenza), 麻疹(measles), 沙門氏菌腸胃炎(salmonella gastroenteritis),幾乎滅絕了沒有抵抗力的美洲原住民族,這也是歐洲人最終能以極少的人數輕易取得了完全勝利的主要因素之一。
無寜說那是細菌戰。
當然,之後從歐洲人遷移到美洲,也一樣死了不少人。
天花(Smallpox)
運用疫苗的接種,對付天花病毒(variola virus),人類可以說已經消除了天花的威脅,最後一個病患是出現在1977年。
天花的疫苗是來自牛痘(cowpox)。Vaccine(疫苗)這個字來自拉丁字vacca,意思就是cow(牛)。
最早在15世紀,中國人就知道把天花引發的結痂,接種到健康者的皮膚下,可以用來預防天花感染。但是,接種人體的天花病毒,有可能引發成真的感染。這個問題是一直到了18世紀末,西方改用牛痘接種才解決的。
天花病毒(variola virus)的樣本,現在分別存在美國亞特蘭大和俄羅斯高規格保安的實驗室內,並沒有真正滅絕。
黑死病(The Black Death): 鼠腺瘟疫(Bubonic Plague)
鼠腺瘟疫的病原體是鼠疫桿菌(Yersinia pestis),是一種細菌,而老鼠只是間接的宿主。
從青銅器時代(西元前3,300-1,200年)人骨的DNA分析顯示,鼠疫桿菌的源頭,來自東方的中國,然後一路隨著貿易路線往西傳播。
現在針對傳染病隔離檢疫(quarantine) 的做法,其源頭就是為了抵抗黑死病的威脅。
當時在義大利,外來的人必須先隔離30天才能登岸入城。後來變成40天,稱為「Quarantino」,(義大利方言「Quaranta giorni」意思就是40天),這就是現代隔離檢疫(Quarantine)的字源。(維基百科)
現在,由於有抗生素(antibiotics),死亡率已經大為降低,但鼠疫並沒有疫苗,而且鼠疫桿菌依然寄生在某些野外的囓齒動物(rodent),甚至至土撥鼠(prairie dog)的身上。
美國國家公園因此建議遊客,最好事先噴含有DEET (待乙妥Diethyltoluamide) 的驅蟲劑來防護,並且要避免餵食松鼠(squirrels)、花栗鼠(chipmunks)及其他囓齒動物。
白死病(The White Death):肺結核(Tuberculosis)
肺結核是由結核分枝桿菌(Mycobacterium tuberculosis)引起,透過咳嗽、打噴嚏人傳人。
絕大多數的人(95%)感染結核分枝桿菌之後,不會有症狀。可是一旦身體免疫系統變弱了,或吃了某種藥,或者年紀大了,潛伏的結核分枝桿菌就可能會活躍起來,引發各種不同的問題。
分析人骨中結核分枝桿菌的基因物質,發現人類在5,000年前在非洲就開始有所感染,然後由人傳給羊牛等家畜(這叫做「人傳畜」anthroponosis,舆之相對的是「畜傳人」zoonosis)。
雖然,感染的海獅和海豹,也把肺結核帶到南美洲的海岸,但最主要的打擊,還是在「發現新大陸」之後,由歐洲人帶原傳入的。
晚近發現,對抗生素有抗藥性的結核桿菌(tubercle bacillus)已經出現了!
肺結核的傳播和貧窮的人住得擁擠密切相關,可以說是一種貧窮病,尤其是在貧窮的國家,受到的影響最大。
全球在肺結核在防治及新疫苗的開發投資上,金額嚴重不足。這是人類公共衛生的一個潛在的問題。
瘧疾(Malaria)
瘧疾是由瘧原蟲(Plasmodium)引起。瘧原蟲是單細胞的真核生物,和動物、植物等等一樣,都屬於真核域(Eukarya)的生物。
以前羅馬人以為瘧疾是污濁的空氣所造成的。在意大利文中, mal 是bad(壞),aria 是 air(空氣),結合起來為malaria ,直譯就是「壞空氣」了。
瘧原蟲寄生在瘧蚊(anopheles mosquito),經蚊子叮咬而傳染到人體。
以前,由金雞納樹(Cinchona tree)樹皮中萃取出來的奎寜(Quinine),是治療瘧疾的特效藥,但是有毒。中國科學家屠呦呦(Tu Youyou)發現,可以從中藥中萃取出比較安全的藥青蒿素(Artemisinin),嘉惠世人。 屠呦呦因此在2015年獲頒諾貝爾獎。
噴灑殺蟲劑、疏通積水、床網防蟲等等,都是控制瘧蚊的好方法。
全世界現在有111個國家已經沒有瘧疾,有34個國家已經趨於沒有。
目前尚沒有瘧疾的疫苗。據說有一種新疫苗會從2020年開始做人體試驗。
(筆者按:第一種上市的瘧疾疫苗,2022年9月獲得WHO認可用於孩童的瘧疾疫苗,是葛蘭素史克美占(GSK)藥廠的Mosquirix(RTS,S/AS01E)。另外,牛津大學研發有效性高達77%的R21/Matrix-M malaria vaccine疫苗,卓越的成本效益備受囑目。根據一份2023年10月的報導,WHO已經推薦將之用之於瘧疾流行地區的孩童身上。)
霍亂(Cholera)
霍亂是由霍亂弧菌(Vibrio cholerae) 感染小腸所致,伴隨嚴重的水便腹瀉,患者會產生脫水症狀,必須大量補充含有電解質(electrolytes)的水份。
霍亂的原因是飲用水被人類的排遺(feces)所污染。
霍亂弧菌在水中,能以浮游動物(zooplankton) 的形式存活。
貝類(shellfish) 會濾食浮游動物,所以沒有煮熟的貝類是感染源。
(貝類在 May-August 比較活躍,在北半球的民間智慧是,吃生蠔和蚌蛤,在英文字眼中有R的月份比較安全,那就是January-April 和 September-December)
噬菌體(bacteriophage)會攻擊霍亂弧菌而產生毒素,這也是促使患者大量水便腹瀉的原因。
Cholera這個字,源自希臘文khole, 意思是bile(膽汁)。在西方,最早記載霍亂的是古希臘的醫生希波克拉底,醫學之父。當時的醫學流行「體液說」,膽汁就是其中的一部份。
霍亂之源在於飲用水受到污染。
全球有四分之三的人,沒有乾淨的水可喝,而這跟貧窮也是有關的。
這也是為什麼霍亂至今依舊在全球很多地區繼續肆虐危害。
霍亂有疫苗,但是那救不了急,更救不了窮。
慢性疾病 (Chronic illness)
全球的公共衛生不斷進步,在已開發國家,70%的死因不是傳染病,而是慢性疾病,諸如:
心臟疾病(heart disease),
中風(stroke),
慢性呼吸道疾病(chronic respiratory disease),
癌症(cancer),
糖尿病(diabetes)
國民所得中等或較低的國家,死於慢性疾病的比例,則高達80%。
慢性疾病 (Chronic illness)的盛行,和貧窮有關。
慢性疾病 (Chronic illness)的增加,有一個假說很值得注意:不是菌太多,而是菌太少。
怎麼說呢?
現代的飲食和運動習慣,使得我們身上微生物群落的多樣性變差,身體變得比較脆弱,當然不容易達到長壽的目的了。
而對於兒童,腹瀉(diarrhea) 和肺炎(pneumonia)持續是兩大主要死因。
5歲以下的孩童,每年全球有1,300,000位孩童死於肺炎;每年全球有700,000位孩童死於腹瀉。
有證據顯示,如果施打疫苗,每年全球可以挽救1/3的腹瀉死亡的兒童(=233,333人),每年全球可以挽救2/3肺炎死亡的兒童(=866,666人)。加起來總共就高達1,099,999人!
只要花一點錢,那一百多萬的孩童就不會枉死了。
天地不仁,以萬物為芻狗。那麼,人類不仁呢?
*:Phillip K. Peterson, M.D., microbes, the life-changing story of germs, 2022 , Prometheus Books
P.S. 相片為汐止和南港間基隆河遠眺台北地區及觀音山
2024/8/28 傳染病 Damakey

Now and here
2024/8/23 健康記錄
早:燕麥2匙,鮪魚蛋土司半片,美式咖啡半壺。
中:鯛魚盒餐(洋蔥,蛋半顆,豆芽,紅白蘿蔔,高麗菜,金針菇)。奇異果一顆。
午後:拿鐵咖啡一杯。
晚餐:葱香雞胸肉盒餐(肉加倍,蛋半顆,豆芽,紅白蘿蔔,高麗菜,金針菇)。蘋果一顆。
運動:11,259步(含40分鐘慢跑)。
P.S. 今天要出發去中央山脈北二段閂山鈴鳴山,如果有在收聽這個頻道的朋友,要耐心等待8/26之後才能恢復播出喔!
P.S. 相片2024/8/23 攝於新北汐止基隆河左岸。來自印尼的朋友,我不認識妳但我默默謝謝妳,千里迢迢來照顧台灣的阿嬤。
2024/8/23 Now and here Damakey



…we know now that the vest majority of germs(bacteria, archaea, viruses, fungi, and protists) are either harmless or genuinely essential to human health. They are your intimate friends.
絕大多數的菌(細菌、古菌、病毒、真菌、原生生物),不是無害的,不然就是攸關人類身體健康的。
(筆者按:原生生物和真菌、動物、植物等等都是有細胞核的「真核生物」,惟原生生物是單細胞或只有簡單幾個細胞,所以另行區分出來)
…If you’re healthy, your gastrointestinal tract alone is inhabited by about forty trillion bacteria. That’s about the same number of cells of your body…
Germs are our ancient common ancestors. They outweigh all animals on Earth combined…
健康的身體內,單單腸胃道上就進駐了40兆個細菌,數量約當我們全身細胞的總數。
菌是我們遠古的祖先。它們的總重量比地球上所有的動物加起來的都還要重。
…Smallpox…Black Death, Yersinia pestis …Clostridioides difficile, Legionnaires’ disease, Lyme disease, HIV/AIDS, Ebola virus disease, West Nile virus encephalitis, SARS, methicillin-resistant Staphylococcus aureus(MRSA), and Zika virus infection…
But human’s number one mortal enemy, both in the past and right now, is influenza virus,…the “king of infectious disease.”…
…the great majority of germs are beneficial to human and planetary health. Germs offer us hope for new vaccines—and better and longer lives. They are also be part of the solution to climate change…
天花、黑死病(鼠疫)、困難梭狀芽孢桿菌、退伍軍人症、萊姆病(伯氏疏螺旋體Borrelia burgdorferi 感染的蜱tick,俗稱壁蝨 ,叮咬而傳播的人畜共通傳染病)、人類免疫不全症/愛滋病、伊波拉病毒、西尼羅河熱、嚴重急性呼吸道症候群(severe acute respiratory syndrome)、抗藥性金黃色葡萄球菌(超級細菌)、茲卡病毒感染……
其實,人類排名第一的致命敵人,從過去到現在,一直都是流行性感冒病毒….. 被稱為「感染性疾病之王」……
……絕大部分的菌對人體及整個地球都是好的。菌讓我們發現新的疫苗,過得更健康、更長壽。它們也全球氣候變遷的解決方案之一。
……
天文學家估計,宇宙共有10^24顆星星。
那已經是一個很大很大的數字,1之後有24個0,兆兆。
但是,地球上所有菌的總數更多,是10^30,1之後有30個0 ,1百萬兆兆(a nonillion)
While the terms germ, microorganism, and microbe are synonyms and are used interchangeably, germ is particularly fitting. The word comes from the Latin word germen, which refers to the sprout of a plant…
「菌」、「微生有機物」、「微生物」都是同義詞。菌(germ)的拉丁字源是germen,意思是植物的芽…..
……
在格陵蘭的疊層石(stromatolites)化石中所發現的,37億年前的藍綠菌/藍綠藻(cyanobacteria),是目前所知地球上最早出現的生物。
菌是所有生命樹的根源,在生物分類的「三域(domain)系統」中,把所有的生物分為:細菌域(Bacteria)、古菌域(Archaea)、真核域(Eukarya)。
細菌域和古菌域都是細小的單細胞生物。
真核域則基本上是多細胞生物,其下又分為三個界:真菌界(Fungi)、植物界(Plantae)、動物界(Animalia)。另外,在真核域又將單細胞或只有幾個細胞的真核生物區分出來,是為原生生物界(Protozoa)。
根據研究,大概在38億年前出現了的第一個微生物,成為現在所有生物的鼻祖。在那約20億年後(距今18億年前),一個細菌和一個古菌融合了,產生了真核域的第一個真核生物。
人類(智人,Homo sapiens),在分類上是真核域(Eukarya)、動物界(Animalia)、脊索動物門(Chordata)、哺乳綱(Mammalia)、靈長目(Primates)、人科(Hominidae)、人屬(Homo)、人(H. sapiens)。人類根源的真核域,最原始就是一個細菌和古菌的結合,所以我們都是細菌和古菌的後代。
病毒(virus),則與眾不同,它的結構非常簡單,在蛋白膜內裹著一些基因,本身沒有新陳代謝功能(metabolism),而是靠被它寄生的宿主。在分類學上,病毐就是virus,其下又分成好幾個域(domain),直接和細菌域(Bacteria)、古菌域(Archaea)、真核域(Eukarya)等等分庭抗禮。
病毒種類之多,有人估計有數千萬種,甚至有人說至少有一億種,而我們多少有研究的,則只有大約其中的5,000種而已!
在細菌中,大概有1,400種是會致病的病原體(pathogens),而古菌中則只有1種。
在病毒中有一種叫做噬菌體的,則對人體有益。
Bacteriophages are particularly abundant in seawater, where they far outnumber every other biological entity. For example, a liter of seawater collected from marine surface waters typically contains at least ten billion bacteria and one hundred billion viruses-the vast majority of which remain uncharacterized. All but overlooked until this century, these bacteriophages now are considered drivers of global biogeochemical cycles of carbon, nitrogen, sulfur, and oxygen. Along with unicellular eukaryotes-plankton and algae they play an enormous role in shaping the earth’s atmosphere and in sustaining marine food webs. Bacteriophages are also indirectly responsible for limiting global warming. They reduce the amount of carbon dioxide in the atmosphere by about three billion tons per year.
大意是說:
海水含有大量的噬菌體。噬菌體、單細胞的真核浮游生物(eukaryotes-plankton)、藻類(algae)共同作用,是全球碳、氮、硫、氧等生物化學物質的循環,很重要的一部分。它們形塑了大氣,是供應海中生物食物的網絡。每年從空氣中吸收了大約300億噸的二氧化碳。
……
在土壤中,細菌是主要的分解者,促進碳、氮的循環。其中的固氮作用,對植物益形重要。
根據估計,以生物量(biomass)來看,植物佔80%,細菌佔15%。真菌和古菌的生物量超過動物。至於人類的生物量,都比不上病毒呢!
從生物量的角度,菌類(germs)還真是舉足輕重呢!
……
要了解菌的好處,不能單看菌,而是要從整個生態系(ecosystem)的角度。生態系最重要的觀念就是,生態系中的生物之間,是環環相扣、唇齒相依的。
菌是群體生活的生物,俱有極高的社會性。菌分泌化學物質,透過群體感應(Quorum sensing)進行協調溝通。噬菌體就是透過這種群體感應,來偵測到附近是否有細菌,然後前去大快朶頣的。
兩種菌密切生活在一起,那叫做共生的(symbiotic)關係。
如果共生關係對雙方都有利,叫做「互利共生」(mutualism)。
如果一方獲利另一方沒有差別,叫做「片利共生」(commensalism)。
如果一方獲利另一方有所損失,叫做「寄生」(parasitism)。
菌的生殖方式,一般是透過二分裂(binary fission)的機制。首先複製遺傳物質DNA,然後細胞一分為二,就倍增為兩個菌了。
菌為了保護自己,會產生有毒的物質,這就是人類拿來利用的抗生素(antibiotics)的來源。譬如,盤尼西林(Penicillium)就是一種真菌所產生的,意外被發現能殺菌。
透過母細胞分裂,基因就垂直遺傳下去。除此之外,菌最特別的是,在不同種之間會進行基因的橫向交換,horizontal gene transfer(HGT)。可能由噬菌體打包基因物質來傳遞,或者透過能自行複製DNA的質體(plasmids)來進行。
基因的橫向交換,讓菌迅速取得不同的DNA,不必等待分裂生殖產生變異的緩慢過程,因此可以加快其演化及對環境適應的能力。這也是為什麼人類用抗生素時,菌能夠產生抗藥性的原因。
菌的傳播,主要透過人傳人或者污染的水、食物。
人傳人:譬如,麻疹(measles)、肺結核(tuberculosis)、流行性感冒(flu)。
透過性接觸:譬如,愛滋病(HIV)、披衣菌(chlamydia)、泡疹(herpes)、淋病(gonorrhea)、梅毒(syphilis)
透過水、食物污染:譬如像霍亂、痢疾等等的腸胃道感染。
……
以上是關於菌(germs)的重要基本概念,摘錄供大家參考。
*:Phillip K. Peterson, M.D., microbes, the life-changing story of germs, 2022 , Prometheus Books
2024/8/22 microbes, the life-changing story of germs Damakey
