烹飪界有所謂「微生物風土(microbial terroir)」的概念，那是指微生物無所不在，而且在不同的地方的微生物種類和數量也不同，因此透過微生物「發酵」而產生的食物風味，也就會因地而異。
這裡的微生物，指的是細菌(乳酸菌、醋酸菌等等)和真菌(釀酒酵母菌、酒香酵母、米麴菌、琉球麴菌等等)。
而至於什麼是「發酵」呢？
「發酵物有千百種，從啤酒、葡萄酒到乳酪，再到泡菜到醬油。當然，這些都是截然不同的產品，但製作的基本過程是一致的。微生物細菌、黴菌、酵母菌或其組合)會分解或轉化食物中的分子，從而產生新的風味。……』*
而在進行「發酵」的機制，往往是透過微生物所產生的酵素來進行，譬如分解蛋白質的蛋白酵素(protease)、分解澱粉的澱粉酵素(amylase)。酵素在溫暖液態的環境中運作得最好，如果溫度太高則會失去活性，這是在製作發酵食物要特別注意的事。
發酵過程要避免不良微生物的滋生，譬如肉毒桿菌、大腸桿菌、沙門氏菌，以及其他致病黴菌等等。鹽份在這部分，扮演十分重要的角色。
- 乳酸發酵水果和蔬菜 Lacto-Fermented Fruits and Vegetables
在蔬果的表皮和葉片上本來就有乳酸桿菌，在發酵的時候，只要營造它們喜歡的環境就可以了。
乳酸桿菌耐鹽，可以在食材中添加2%的鹽，那麼既不妨害乳酸桿菌生長，也可以抑制其他的細菌。
乳酸桿菌可以將碳水化合物轉化為乳酸，而乳酸桿菌本身也耐酸。
乳酸桿菌厭氧，食材發酵過程會泡在水溶液裏。傳統上在製作酸菜時要在上面加壓，就是要逼出食材中的空氣，也隔絕空氣中的氧。一般在廚房裏製作乳酸發酵，用塑膠袋真空包就是很理想的做法。
1. 醋 Vinegar
醋是酵母菌和細菌合作的產物，而這些細菌是好氧菌。
首先是酵母菌將糖轉化為酒精，然後再由好氧細菌將酒精轉化為醋。為了供應氧，往往要用上打氣幫浦。
2. 米麴 Koji
米麴菌是真菌中的一種黴菌，在溫溼環境會生長於煮熟的穀物上。
『……真菌會產生一群酵素，把澱粉(澱粉酵素)、蛋白質(蛋白酵素)和脂肪(脂肪酵素)分解成各自的組成單元，也就是單醣、胺基酸和脂肪酸。』*
米麴菌可以耐受微鹼的環境，因此在煮熟的米或大麥中加入1%的木灰，米麴菌就可以長得很好。
味噌、醬油、甘酒、清酒等等，都是透過米麴菌發酵而成的。
3. 味噌 Misos
『味噌是由煮過的大豆、麴和鹽製成的發酵糊醬。』
製作味噌，有兩個步驟。首先是在米飯或大麥上培養米麴菌，製成麴。麴會產生蛋白酵素和澱粉酵素。其次，這些酵素會分別把蛋白質和澱粉分解為胺基酸和單醣。
『味噌熟成的過程中，野生酵母菌、乳酸菌和醋酸菌也會參與風味石的形成。』*
鹽可以預防不良微生物的生長，建議的鹽度不要低於4%。為什麼一般味噌會那麼鹹，是有道理的。
4. 醬油 Shoyu
製作醬油，也是透過米麴菌的作用，利用其產生的蛋白質酵素，把(大豆)植物性蛋白質分解成胺基酸，其中並會附帶產生充滿鮮味的麩胺酸。
加了米麴菌的大豆和些許小麥放入鹽度20-23%的鹵水中，前幾週每天攪拌一次來降溫，最多發酵3年，等到流出了叫「醪」的汁，再搾出、過濾、熱處理、裝瓶。這是傳統醬油的做法，但是費時費工。
現在有「化學醬油」的做法：用水解酸和微高溫分解植物性蛋白質 =》萃取出蛋白質中的胺基酸 =》用碳酸鈉中和 =》有機渣滓+ 水解植物蛋白 =》水解植物蛋白和二次浸泡傳統醬油醪所製成的醬油混合，只要幾天就可以製成「化學醬油」了。
5. 古魚醬 Garum
『古魚醬最純粹的形態是魚、鹽及水的濃稠混合物經分解和腐敗(當然，是在控制之下)的成品。』*
魚和其他的動物一樣，在肉裡面都含有能分解蛋白質的酵素，從死亡開始就會活躍起來，進行蛋白質的分解。製作古魚醬時，分解魚肉的，則主要靠魚的胃酸和腸道酵素等消化液，所以在製古魚醬時會刴開整條魚，讓那些消化液充分接觸到魚肉。
做古魚醬所放的鹽，可抑制不良微生物。而有些耐鹽的微生物則會成長，為魚醬增添風味的廣度。
古魚醬的美味大部分來自麩胺酸。麩胺酸和鹽(氯化鈉)當中的鈉離子結合，成為麩胺酸鈉，就是所謂的味精了。
如果要降低古魚醬的臭味，可以選擇不加入魚內臟，而用麴所產生的蛋白質酵素代替，來把蛋白質分解為胺基酸。
講到肉類都含有能分解蛋白質的酵素，就不得不提到牛肉的「熟成」過程。那就是將牛肉靜置在冷藏櫃中一段時間，讓分解蛋白質的酵素產生效用，牛排吃起來當然就更柔軟多汁了。
《NOMA 餐廳發酵實驗》一書中，還提到了康普茶、黑化水果和蔬菜在實務上的製作過程，和大家一般生活飲食的經驗距離較遠，在此就略去了。
*：《NOMA 餐廳發酵實驗》：瑞內·雷澤比 大衞·齊爾柏，宋宜真、邱文心 譯
2022/1/17 NOMA 餐廳發酵實驗 Damakey
